最近，在《国家科学评论》（National Science Review，NSR）发表的一篇研究论文中，来自中山大学、中国科学院昆明动物研究所、国家生物信息中心、芝加哥大学的科学家们寻找在2019年底和 2020年初期间，新冠病毒在世界各地的人群里的初始演化。论文的结论是亚洲的毒株虽然最早引发人们对公共卫生的关注，但是在2019年秋季前，新冠病毒已经分别在亚洲和欧洲缓慢地传播了。竞争的结果是，到2020年4月时，亚洲的毒株已经完全被欧洲毒株取代了。
关于病毒起源和疫情传播，要区分 “病毒起源地”与“疫情暴发地”这两个不同的概念。任何生物的起源，无论是人、狗或被子植物，往往都有一个漫长的进化过程，生物特征会在这个过程中一步步形成。病毒起源地（即PL0）应当是人迹稀少，动物宿主的栖息地，病毒得以在此处与其动物宿主展开“军备竞赛”。随后，病毒进化成熟后再扩散到没有免疫的人群。疫情暴发地（即PL1），准确来讲与PL0有所不同，原因是PL1里的人群对此种病毒没有免疫力，说明人群事先并没有接触过这种病毒。简言之，病毒起源地必须有一定的条件让病毒在一个漫长的过程里，逐步从动物传播到人类。到目前为止，新冠病毒的原发地仍然没有清晰的科学证据和确定结论。
从人口健康的角度来看，真正重要的问题不是病毒的起源，而是疫情的扩散。病毒离开原发地之后开始传播。虽然初始时最受瞩目的是第一疫情区，也就是第一个正式报道疫情的地方，但病毒很可能从起源地入侵几个不同的地方，从而引发疫情。
过去研究焦点放在一株一株的病毒分析。因为毒株数量巨大，有几百万条序列，一条条来看很容易忽视初始的变化。NSR 的研究把焦点放在对突变位点的研究上。总数不到一百个，因此很容易掌握病毒早中晚期的演化。研究人员发现病毒的演化是一波波“突变群”的更迭取代。从2020年初到2021年底，新冠疫情至少有5波的“突变群”。每一波由一个带有新突变群的毒株引发。2020年初的第一波“D614G突变群”非常特别，也是 NSR 研究的关注点。这一群的4个突变（简称 DG组突变）在人群传播之后，不但没有消失，反而成了整个疫情的奠基石。更重要的是疫情在2020年初刚开始时，DG组在欧洲已经是主要的毒株（2019 年9月已经在意大利发现）。2020年3月之前，DG组没在中国发现，在亚洲也极少见。
上述结果显示，新冠病毒早期分别在亚洲与欧洲两地独立传播。（也可能有其他的独立传播途径，但是2020年初的数据量太少，不足为证。）DG组突变在欧洲出现，进而扩散全球。在这之后，又有4波新的毒株传播，包括最近的Delta 株，都是从DG毒株持续进化而来的。在新冠病毒的流行演变过程中，变异毒株的取代更迭已经发生了多次，后续还有发生新的更替的可能。
相关论文信息：
https://academic.oup.com/nsr/advance-article/doi/10.1093/nsr/nwab223/6459751
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