这篇Nature论文曾被Science拒稿,作者总结一条重要经验_当前资讯

2023-05-31 16:26:08    来源:中国科学报    


【资料图】

近日,中国科学院大学的3名“95后”博士生(培养单位为中国科学院生物物理研究所)迎来了他们人生中的第一篇《自然》论文。3张年轻脸庞绽放的笑容,与一年前的沮丧形成了鲜明对比。

3名“95后”共同一作(从左至右:李晶晶、余聪、葛蔚然)

受访者供图(下同)

当时这篇论文刚刚被另一家顶级学术期刊《科学》拒稿,拒绝的理由非常让人挫败:“创新性不够”。唯一值得欣慰的是,编辑表达了一个观点:“你们研究的这个问题非常有趣。”

得到这个评价后,几名作者重新撰写了文稿,仔细修改了摘要和主图,把编辑眼中“有趣”的问题讲述得更加详尽,也让论文中最富新意的部分更加凸显。最终这项工作赢得了《自然》杂志的青睐。

“这是一个很典型的案例。”本文共同通讯作者之一、生物物理所研究员朱冰对《中国科学报》说,“当你有一个所谓的‘卖点’的时候,一定要把它提炼得足够清晰,要擅于把那层朦朦胧胧的‘窗户纸’捅破。”
“不要觉得这只是论文写作的小技巧,这种能力也能帮助你更好地凝练科学问题,做出更有价值的工作。”他说。

《自然》论文截图

有趣的问题:它是怎么选择“CP”的

在论文共同第一作者葛蔚然的讲述中,这项研究逐渐生动起来:“大家都知道DNA是生物遗传信息的载体,但你知道它们在真核细胞中是怎么存在的吗?”

在真核细胞中,DNA像绳子一样缠绕在八个组蛋白上,形成类似悠悠球的结构,叫作“核小体”;核小体通过DNA一个一个串起来,然后被有规律地折叠打包,再装进细胞核里。有趣的是,每个组蛋白都有可以灵活摆动的尾巴,能伸到核小体外面。尾巴的不同位置可以被打上不同的“记号”,这些记号不仅能影响染色质折叠的状态,还可以作为一种信息,告诉下游的蛋白要不要过来工作,从而调控基因的表达。
即便DNA的序列没有发生变化,组蛋白上的记号也能通过影响基因表达,形成可遗传的表型变化——这种机制就属于“表观遗传学”。
“在细胞里,既有画下记号的‘笔’,读记号的‘眼睛’,也有能擦掉这些记号的橡皮’。”葛蔚然耐心地解释着,“我们这篇论文关注一个很著名的‘记号’——组蛋白H2A泛素化修饰,能够擦除它的‘橡皮’叫做PR-DUB复合物。尽管这对‘CP’已经被研究得非常多了,但人们一直不知道PR-DUB是怎么在核小体上去掉泛素化修饰的。”
这个现象最迷人的地方在于,在体内时,PR-DUB只能去除核小体H2A特定位点的泛素化修饰,而不能去除其它位点的泛素化修饰。但当PR-DUB离开核小体后,就不再具备这种特异性了,它变得可以擦除不同位点上的泛素化修饰。
“这说明在核小体水平上,存在我们不知道的分子机制来实现这种底物的特异性选择。”葛蔚然说。这正是编辑口中,最有趣的问题所在。
最终的答案出人意料:PR-DUB中发挥主要作用的酶叫做BAP1,这个酶的结构是有方向性的。核小体上探出来的组蛋白“尾巴”,能高高地翘起来,拐一个很大的弯到达BAP1的活性中心,从而让这个酶特异性地擦除尾巴上的H2A泛素化修饰。而其他位点上的泛素化修饰,由于方向不对,无法抵达BAP1酶的活性中心,也就不能被消除了。
“这是一个非常有意义的发现。”朱冰向《中国科学报》解释,“大多数染色质修饰酶的特异性,是通过局部的特异性‘催化口袋’实现的。而这个酶,是已知唯一一个通过大范围的结构取向来获得特异性的。打个比方,它靠的不是口袋本身的结构有特异性,而是直接把口袋转了个方向,只和开口方向的底物结合。”
“如果未来发现,它不是‘唯一一个’,而是‘第一个’,那就更有趣了。那将大大拓展我们对酶特异性的认识。”朱冰补充道,“我想这才是《自然》接受这项工作的原因。”

3位“95后”的接力时速

这篇论文的3位共同一作都是“95后”,其中两人出生于1995年,一人出生于1997年。3个年轻人在这项工作中都经历了许多挑战,也收获了巨大的成长。

今年26岁的葛蔚然,看起来比实际年龄还要小一些。8年前,她以691分的高考成绩成为中国科学院大学(国科大)第二批本科生。在以“科教融合”为特色的国科大,本科生就可以选择一位科学家作为自己的学业导师,就这样,葛蔚然来到了生物物理研究所研究员许瑞明门下。
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