2020年4月，宫崎敏明履新校长没多久，会津大学的教职员和学生就收到了一封“神秘邮件”。这封匿名邮件称，宫崎的多篇论文存在自我剽窃和重复提交等学术不端行为，甚至抄袭学生的论文。接到指控后，会津大学成立了调查委员会进行调查。这次调查持续了近两年时间。2022年2月3日，会津大学召开新闻发布会，宣布了调查结果。委员会发现，宫崎有4篇论文使用了他过去论文的研究结果，却未注明明确引用，已构成“自我剽窃”。当时宫崎表示，对于给学校和相关方带来的不便，自己深感歉意，并自愿上交一个月工资的20%作为处罚金。根据Economic Research Institute的数据，日本大学校长的平均月薪约为6万元人民币，20%约为1.2万元。调查委员会答应了宫崎的请求。日本会津大学（The University of Aizu）一波未平一波又起，第一次调查结束仅仅一个月后，宫崎不知出于什么目的，又“自曝”自己共有12篇论文涉嫌自我剽窃。会津大学对宫崎第二次调查的报告。在调查背景中，可以看到宫崎“自曝”（self-reported）12篇论文涉嫌自我剽窃随后，针对宫崎的第二次调查开始，一直持续到2023年2月。委员会调查了宫崎自2005年就任会津大学教授以来发表的54篇论文。最终发现，除了之前曝出问题的4篇论文之外，宫崎还有3篇论文存在自我剽窃、有5篇论文存在重复提交。根据委员会的定义，自我剽窃是使用了自己之前论文的研究成果，却未注明引用；重复提交是直接提交自己之前论文的研究成果，没有作出创新。涉事论文发表于2008年至2016年之间，都是关于传感器网络的研究。委员会认为，这些论文的合著者都没有过错。宫崎不服，于2023年2月提出上诉。宫崎先“自曝”后上诉的操作，着实让人迷惑。合理推测，可能是因为调查结果比宫崎“自曝”的情况更加严重——宫崎“自曝”12篇论文均为自我剽窃，而调查结果为7篇论文存在自我剽窃、5篇论文存在重复提交。又或许存在别的原因，根据目前的信息来源，背后真相究竟如何，尚未可知。委员会重新进行了调查，将其中1篇涉嫌重复提交的论文改为自我剽窃，但其他调查结果不变。委员会建议宫崎撤回重复提交的论文，并纠正自我剽窃的情况。宫崎解释说，自己不清楚论文的提交规则，没有注意学术不端行为的概念发生了变化，如日本文部科学省（MEXT）2006年制定的《防止研究不端行为指南》和2014年对这一指南的修订。因此，宫崎并不认为自己的行为构成了自我剽窃和重复提交。委员会还认为，宫崎“严重忽视了研究人员应尽的基本职责”，将学生的研究数据和成果归于自己。但宫崎认为，学生处于他的监督之下，无法与他平等讨论，因此学生的成果也属于他。宫崎将一名参与研究的学生列入论文致谢中，而不是作者，他说是因为“学生毕业后很难取得联系”。此外，宫崎还被揭露“在未遵守大学内部程序的情况下申请政府援助”。当时，宫崎在申请文部科学省的补贴项目，以改变研究生院的组织和能力，并增加学院数量。在被县政府指出问题后，宫崎马上撤回了申请，但还是造成了一些混乱。宫崎说，他对给学生、毕业生、支持者和县民带来的不便深表歉意。7月召开的校长遴选会议决定，建议宫崎敏明辞职，这实质上相当于解雇。于是，在学校的“建议”下，宫崎敏明辞去了会津大学理事长兼校长的职务。
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